很快集继续回到了学校生活。而此时集与以前大不相同，在学校他表现的越来越积极越来越自信。
当然，这一点也引起了一直爱慕着集的少女的注意。在班长的助攻下两人决定一起去购物，不过林丯也适时出来插了一脚加入了进去。
在电车上三人碰见了，已经许久未见的谷寻。而此时的谷寻向几人借钱。当然明白谷寻困难的集没有说什么，而是想去一起看看谷寻的弟弟。
为了借到钱谷寻也无奈的答应了，此时谷寻的弟弟的病情已经基本无药可医。所以谷寻即使再怎么想改变这一点，也无法做到。只能勉强得到一点疫苗，进行稍微的控制。
集当然明白这些，但他更明白未来已经改变了。因为他之前就已经跟林丯说过了这些问题。
林丯也没辜负集的期待，表示他可以将这种病毒从人体内吸收出来。所以急也期盼着林丯能将谷寻的弟弟救回来，未来到底是否可以改变。
至于林丯怎么来救已经感染病毒的润，那当然是靠万能的主神的能力了。只要花一点点源力，那么主神就可以将一切问题都解决的明明白白。
面对这种情况谷寻集也只能无奈的带着几人前往自己的藏身地。看到润的情况集也有很深的感触，他之前在林丯的幻境中经历过这一场面。而他知道，最后因为无奈自己最终还是选择杀死了润。
虽然集不是心甘情愿的，可是当时的情况下，如果不杀死他，那么谷寻就会死，自己只能二选一，但救活谷寻显然是更合理的选择。
谷寻最后虽然也原谅了他，甚至可以说自己的行为是解放了谷寻。但是集对自己亲手杀死润君，感到无法释怀。
也就是，这一点点悲剧的发生，导致了后来一切的发生。不过好在这回有林丯的在。相信如果有林丯的话，一定可以将这件事情解决的。
林丯也给集打了包票，表示自己肯定会将谷寻的弟弟救活。但林丯想让集知道。自己并不是万能的，他不可能把这个世界上每一个感染了启示录病毒的人的病毒都全部除去。
不说林丯真的做不到，就是哪怕能做到林丯也不会做这么费力不讨好的事情，再多的源力也不会够用。
而且集是拥有能将全世界所有病毒都全部吸入自己体内的能力的。虽然到时候他也会因将所有的病毒都聚集在自己体内当中而死去。
但是林丯处理一个人的病毒要比处理无数人要方便的多，处理一个人林丯使用一点点源力就可以，但是如果处理无数的人，哪怕每个人只用一点源力，林丯也没有这么源力能够付出。
虽然经历过幻境世界的磨练，但此时的集还完全无法达到原著中那种水平。不过林丯也没有着急，相信再过不久集一定会完全使用出自己的虚空。
既然林丯已经答应了下来，那么他当然要履行自己的承诺。他当着所有人的面将润体内的虚空病毒排除掉了。
谷寻面对这一切，当然有一点难以置信。不过润身体的好转，还是让谷寻解脱似的哭了出来。也许对谷寻来说，他是真的爱这个弟弟。但是无奈也正是由于弟弟的拖累，导致了谷寻甚至接近崩溃的地步。
谷寻用尽一切保护自己的弟弟，但是在内心中又无比不想杀了他，这也就导致了谷寻的表里都不一。
集看到林丯将润治好也是十分高兴，现在他真的相信只要林丯存在，那么自己和祈一定可以达到完美的未来。因此集比谷寻还要显得更高兴一些。
此时的润因为病毒完全从体内消除，所以显得精神了不少。常年的疾病折磨，并没有导致他崩溃，而是依然成长为一个温柔的好孩子。
他醒来第一件事情就是安慰自己的哥哥。他像爱自己一样，爱着自己的哥哥。因此他也数次想自杀，不过身体让他无法完成而已。
但是既然润愿意为自己的哥哥舍弃生命，那么就可以看得出来他是多么爱哥哥了。
那边的祭看着林丯帮助润将所有的病毒取出体外，也为他十分高兴。此时的祭因为林丯的介入，导致她和集之间的距离没有一点点的缩减。而林丯却给她带来了一股的新鲜感，因为林丯的神秘，以及不在乎一切事物的淡定感。
无论是恐怖组织也好，无论是启示录病毒也好。此时的祭在心目中已经有了一点点林丯的位置。
林丯看着祭在看着自己发呆，也有了一点点么挑逗一下她的兴趣。“是不是已经被我强大的身影所迷住了？”
祭的脸微微一红，“不要胡说八道，我才不会被你给迷住呢。”
林丯看着脸红的祭，心里微微一动：“那就好，可千万不要被我迷住，否则的话你这一辈子就离不开我了。”
祭当然不会理他这些话，所以她就闭嘴不言，再也不搭理林丯了。
听完林丯对自己的骚扰，祭又想起了集。因为有了祈以后，集好像距离自己更远了。也许在集的心目中，他们之间只是简单的同学与朋友关系。
可惜这可是自己的初恋啊！要是是自己的初恋也能主动一点，那该多好啊！
外面的虚界少校还埋伏着一大票GHQ的人，准备给集带来一点点惊喜。
可惜此时的润已经被完全治愈，因此他们并没有选择偏僻路线逃跑，而是直接乘坐公共交通工具离开了海洋馆。
在观看了几人离开的录像后，虚界却发现了新大陆，因为之前那个病重的少年，居然已经完好无损了。
这难道也是虚空的能力吗？虽然不知道到底是为什么，但是虚界只好把它归咎于虚空的能力。相信最终自己一定能搞明白的，所以他也没有轻举妄动，放弃了接下来的行动带人离开了。
因为面对没有拖累的集，只要他使用虚空能力，可以很轻松地将自己这边的战力全都收拾掉。所以只能无奈的放弃此次计划了。
本次的事件进行的很顺利，并没有像原著中一样，导致集直接自闭。因此随后的夺取起源之石行动集如约参加了，可惜的是运送起源之石的卡车其实是假的，最终起源之石还是运进了机场之中。
之前被茎道修一郎拿走的起源之石此时已经落入了目前GHQ的最高领导人杨少将的手中。为了自己的欲望，杨少将想要将起源之石带到美国去。
因此葬仪社必须在飞机起飞之前，将其拦截住。但此时的GHQ已经布下了天罗地网，而茎道修一郎就是此次行动的最终幕后boss。
本来以茎道修一郎对恙神涯和启示录病毒的了解，他此次做的准备可以说是完美无缺。遗憾的是他低估了这边真正的战力。
先不说林丯，此时的集已经拥有了相当不俗的成长，他实际上已经接近于后期黑化时的战力了。再加上原著中其实GHQ的优势就是拥有了视野，虽然葬仪社在进攻之前就已经将所有监控都强行夺取了。
但是作为本剧的智商担当虚界少校的布置下，一些摄像头并没有并入GHQ的摄像系统之中，而是独立存在的。
所以导致整个葬仪社部队的人马的动向都完全被GHQ了解到了。
可惜此时林丯却不会放任他们这样做，因为林丯已经将整个GHQ的电脑系统完全控制。遗憾的是任何摄像头最终都必须要由电脑来控制，只要处于GHQ的局域网之内，林丯就都可以完全控制。
本来自信满满的虚界觉得自己可以将葬仪社一网打尽，遗憾的是还是没有能够成功。这直接导致了所有的葬仪社战力都完全无损的，直接进入了GHQ的守备圈之内，从内部开始了突击战争。
虽然茎道修一郎按照自己的计划，将杨少将除掉了，并且得到了起源之石开始执行自己的计划。
但遗憾的是，因为这次的葬仪社无损入侵，导致双方的两败俱伤。
之所以茎道修一郎能继续实行计划，其实是林丯有意放水。他目睹着达特将祈给抢走了，不过集也没有怨恨林丯，因为此时的集明白不能什么都指望林丯，最终能拯救祈的人只有自己。
当然林丯并不着急祈被劫走，反而对这个达特的存在十分感兴趣。根据剧情的解释，达特实际是一个古老的隐修组织。
也就是说他们其实很早就得到了启示录病毒，一直在自己的组织内部实验并且达到了正常使用的阶段。
所以达特才有了使用虚空的能力，当然也许他们就是见到了这种病毒的强大，所以才决定促进人类的进化。
虽然从最后达特的表现上来看，他们追求的并不是启示录计划真正的完成。他们看起来只是想看到人类更多的可能性，集最后将其击败，并没有真正能击杀他。
只是在达特看到的集身上拥有的可能性之后，就从容撤退了。因此，整体来看这个组织其实并不是很在乎人类的社会进程到底是怎样的。
他们只是想看到进步，无论是启示录病毒引起的，或者是是集这个人引起的进步，对他们来说都不重要。
最终，经过一番激战所有的人还是成功的突入到了茎道修一郎要举行计划的地方。
茎道修一郎在这里想要强行唤醒真名，大家都不会同意。林丯当然也不可能坐视这种事情发生。
很快的经过战斗，茎道修一郎就被打败了。而起源之石也被完全摧毁。
看到这种情况的茎道修一郎正准备逃跑，但遗憾的是林丯早已经在一旁守候已久了。
林丯直接使用了写轮眼的别天神幻术，将茎道修一郎的意志修改了。
虽然茎道修一郎之后还会按之前原著中的计划行事。但是最终只要林丯一声令下，他还是会无条件的听从琳丯的命令。