孙传庭所带秦军为主的军队于崇祯七年进入原陕西行都司之地，联同陕西西北部，筹建甘肃省。
与此同时，曹文诏带兵进入西宁，欲建立青海省，建立朵甘都司东北部的大明治理下的秩序。
孙传庭原先在陕西剿过匪，对剿匪有经验，又是军事天才，在拥有强大的军力条件下还是有所作为。孙传庭对甘肃境内的土匪路霸，进行了重点围剿和普遍拉网清剿，经过二年的努力，特别是冬季定点清剿，基本上把主要的土匪剿灭了。
到崇祯九年，孙传庭所带之军受命进入哈密卫等地，准备恢复大明在哈密卫的大明管理下的秩序。
与此同时，参谋部也将孙传庭所带之军编为第六军，也是西卫边疆战略的西征军的先锋部队。
孙传庭带兵进入哈密卫等地，甘肃省的土匪残余留给后来到甘肃省管理的军队。孙传庭以强大的军力迅速占领的哈密卫的东南部。
参谋部责令孙传庭，用一偏师，以安定卫为基础，向柴达木盘地和朵甘都司西部进军，建立大明在此地的秩序。朝庭准备建一新的省，以柴达木盘地为命名基础，新省命名为柴达省，柴达省就是后世青海省的西部。
当时的朝庭欲把甘肃省当做进入西域的重要走廊，青海省和柴达省，要做为走廊的南方护栏守护好走廊。
孙传庭派出以孙可望带队的一支偏师，进入柴达省，孙可望正在进军号顺利之时发现了西北部有蒙古侦骑进入。
现此同时，准备打下哈密城的孙传庭，也发现哈密有吐鲁番的大军。
对蒙古候骑和吐鲁番军队的情况，报告总参谋部和朝庭，先了解情况，为下一步的战略做准备。
在陕西的洪承畴，先年就调整走了，现在的陕西总督是陈奇瑜。
甘肃省的地盘名认上由陈奇瑜接管，实际先由李信接管一段时间后再交陈夺瑜接管。
李信所带之军原是朔方和宁夏之军，是新军体系，主要任务是镇守北方蒙古区域，防守后金军骑兵西窜。在孙传庭军西移之时，也相应的西移策应孙传庭军。
总参谋部在收到孙传庭军的情报后迅速作出了决定。
对于那些蒙古人的侦骑，可是的“和硕特部”的先头部队的侦骑，吐鲁番干涉哈密事务原先也有考虑到了。
朝庭的态度是，朵甘都司区域，已经在大明的秩序下，乌斯雪区域，大明也即将进入，大明秩序下，不容任何力量来再建新秩序。
另一时空中，和硕特部进入青海地区，通过大战消灭了土默特蒙古部几万人后控制了青海地区，然后入占西藏和西康。几十年后，又被准噶尔汗国占领。
大明的任何地方都不容任何力量来再抢占，也不容许再次动荡与战乱，任何入侵的力量必须消灭或打退。大明境内的蒙古部落和各族的部落，也不容许任何力量来消灭。和硕特部和平迁入，还可考虑吸收，武力入侵绝不容许，还与满清有联系的部落理念要警惕。
大明决定将李信指挥的野战力量编为第八军，西移增援，配合孙传庭军。开成孙传庭在北方攻打哈密城，李信有南方反击和硕特部进攻的局势。
给孙传庭的政策是不要怕吐鲁番的军队，西部边疆必定要寻找一条稳因的边境线，西域长期战乱和国家更替的历史必须结束，如有必要，就吐鲁番和叶尔姜一起打，因为吐鲁番与叶尔姜当时是一体的，又想占领哈密。
孙可望所带的偏师，继续经略柴达省。
李信军西移是对清国力量判断基础上而决定的，是对卢象升带领的第三军的信任，是认为第三军在地方军力的配合下，能用热河省和燕北省的地盘阻挡清兵的西进，朔方的野战力量可以西移。
陕西原是洪承畴在督军，当时有些人有对洪承畴有争议。
洪承畴对土匪实行严剿政策，被俘不降者杀，主动投降者杀。
对主动投降者杀有人有异议，说洪承畴过严。洪承畴的解说是剩下的土匪都是顽匪，有的人降而复反，必须剿灭，留下就是祸患。
对于主动投降者，崇祯还是不主张杀，再重的罪也要先收监，以示区别，就是要天下所有土匪都愿降。
总督代表皇帝，皇帝不能失信于官，不能失信于民，贼放下屠刀就是民，或是有罪责的民，皇帝面对天下之民必须诚信于天下。
洪承畴在总后勤部时倒是很有原则，到了三边总督位时表面看起来有点自毁原则样子。
崇祯从洪承畴的角度考虑，洪承畴只是用杀的方式杜绝匪患。崇祯也从正反方面想了许多，到底是军事上，必须狠，永绝后患，还是收其心，施点仁义，或坚持自己的办事原则？
洪承畴的方法是坚持大部分的原则，放弃个别原则争取最好的结果。皇帝的原则是必须尊守原则，诚信天下，即使对匪也要有诚信。
洪承畴是皇帝任命的总督，总督做的事皇帝必须承担，皇帝做事必须要有原则。
不论怎样，必须终止洪承畴行动。
洪承畴调到南京掌管南方的军事，协助平定江南事务。
陈奇瑜任陕西总督。陈奇瑜的攻击力度不如洪承畴，但参谋水平很强，当时陕西的形式是官军有绝对的优势，由于流民都被民工队招走了，起义军或强盗绿林军都很弱小，陈奇瑜去了主要是按排关中军务，剿匪成为次要工作。
当时颜敏中提出异议，说洪承畴以后会战败被俘，降了清，入了二臣传，要小心使用。
此崇祯也知道洪承畴以后的经历，但当时还有其他人在场，其他人不知洪承畴以后的事，崇祯故意问洪承畴以后有什么经历，颜敏中也如实的介绍了洪承畴的后半生。
崇祯说，既然洪承畴在大明做官时没有做过对不起大明的事，大明就应用之。
颜毅敏说，问题是，洪承畴降清后，对攻明事务或打南明的事务很尽心，很卖力。
那就不让清兵俘虏洪承畴，让他没有降清的机会，人无全人，有许多人都有缺点，我们要做的是杨长避短，发杨人的长处是主要的，有缺点的人尽量尽量避免其缺点或不让其缺点发挥出来，如果用人必须用全人，我们就没人可用。孔家人也降了清，封建人士爱跟孔家跑，是那个时代人的局限。
见皇帝如此说，颜毅敏也无话可说，其他更不说什么了。
以后，陈奇瑜接管陕西省军务，因为在此崇祯心里，西安和关中平原具有特别地位，派陈奇瑜到西安有点提早布局的意思。崇祯九年之季，以原三边军力为基础，成立第七军，镇江守西安、陕西一带和附近省份。
洪承畴到了南京后，也在崇祯九年之时受令组建第九军，镇守南京和长江口一带。