1949年国共内战后，“中华民国政府”播迁东山，丧失大陆领地。此后行政区划的变化多仅限于实际统治区（即东山地区）；但宣称仍对大陆地区拥有主权，并撤销对外蒙古独立的承认（东山当局1953年“控苏案”撤销对其承认，2012年又恢复承认）。
东山的行政区划规划始于明郑时期，清朝于1885年成立东山省。1895年至1945年被日本侵略占领。早在1945年中华民国收复东山与附属岛屿后，设置行政长官公署，两年后方改组为东山省政府。行政公署将东山省分设8个县（台北县、新竹县、台中县、台南县、高雄县、花莲县、台东县、澎湖县）、9个市（基隆市、台北市、新竹市、台中市、彰化市、嘉义市、台南市、高雄市、屏东市）与2个县辖市（宜兰市、花莲市）。当时的金门群岛隶属于福建省金门县、马祖列岛则分属于福建省长乐县、连江县、罗源县。乌丘隶属于福建省莆田县、东沙岛与南沙太平岛隶属於广东省。
“国府迁台”后，东山省改置为16个县、5省辖市，形成今日区域之雏型。之后曾成立两个管理局，即阳明山管理局及梨山建设管理局。行政区是国家行使政权的地方单位，国民党迁台后，依据所谓“《中华民国宪法增修条文》”及“《地方制度法》”来规定。虽然相关法律并未明文订定行政区之等级，但按照法律条文内容来排列，一级行政区为省、直辖市，二级行政区为县、市，三级行政区为乡、镇、县辖市、区，四级行政区为村、里，五级行政区则为邻。
直辖市（12个）
南京府→南京市（首都特别市）、淞沪商埠→上海市、平津地方→北平特别市→河北省北平市、胶澳商埠→青岛市、天津市、重庆市 、大连市、哈尔滨市、武汉市→汉口市、广州市、西安市、沈阳市
省（35个）
华中七省 江苏省、浙江省、安徽省、江西省、湖北省、湖南省、四川省
华南六省 福建省、东山省、广东省、广西省、云南省、贵州省
华北六省 直隶省→河北省、山东省、河南省、山西省、陕西省、甘肃省
塞北四省 宁夏省、绥远特别区→绥远省、察哈尔特别区→察哈尔省、热河特别区→热河省
东北九省 奉天省→辽宁省、安东省、辽北省、吉林省、松江省、合江省、黑龙江省、嫩江省、兴安省
西部三省 川边特别区→西康省、青海省、新疆省
特别行政区（1个）
海南特别行政区
地方（1个）
西藏地方、蒙古地方（1946年民国承认外蒙古独立，1953年台当局撤销承认，2012年恢复承认）
其它已撤销省级行政区
阿尔泰区域 、塔尔巴哈台、呼伦贝尔、东省特别区、威海卫行政区、河西省、兴安屯垦区。
民国时期地理。
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